核苷类药物的副作用相对更小一些，干扰素副作用相对较多且较严重，不过具体副作用大小存在个体差异。以下为具体分析：

干扰素的副作用按照发生率从高到低主要有感冒样综合征、血液系统问题、精神系统问题以及其他不良反应等。当干扰素的剂量每次使用大于或等于3×10⁷个单位时，大于70%或接近100%的患者会出现发热，常伴有头痛、肌痛、关节痛、乏力等症状；约有20%的患者可能出现白细胞总数、中性粒细胞及血小板计数轻到中度的减少；精神系统副作用发生率在10% - 60%，多为轻度，但有不足10%的患者症状比较严重，可能明显影响生活质量，这也是导致干扰素治疗停止的最常见原因；此外还可能包括甲状腺功能改变、肾功能改变、肺部、眼部、心血管系统的副作用等。

核苷类药物的副作用主要有长期使用可能导致耐药，还可能影响肾功能、骨代谢等。不过，核苷类药物总体安全性和耐受性良好，且多为口服给药，使用方便。

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